Maki Yamamoto è nata ad Osaka, in Giappone. Ha studiato con Keiko Inoue al Kobe College.
Dopo gli studi in Kobe ha proseguito la sua formazione a Friburgo, Stoccarda e Strasburgo. Ha studiato con Zsigmond Szathmáry, Jon Laukvik e Christophe Mantoux.
Si è diplomata nel 2001 con la lode, ed ha eseguito il perfezionamento con Szathmáry a Friburgo e nel 2005 nella prestigiosa “Solistenklasse” con Jon Laukvik a Stoccarda.
Ha frequentato corsi di perfezionamento con  Olivier Latry, Lorenzo Ghielmi, Tierry Escaich ed altri. Nel 2005 ha vinto il terzo premio al primo Concorso Internazionale per Organo di Landsberg in Germania.
Ha tenuto concerti in numerose città del Giappone, Germania, Polonia, Austria e Repubblica Ceca. I suoi concerti sono stati trasmessi in diretta dalla Radio Televisione Bavarese (Bayerische Rundfunk)  e dalla Radio Austriaca (ÖRF) di Vienna.
Dall’aprile del  2006 Maki Yamamoto è organista titolare alla “concert hall di Ryutopia” in Niigata, Giappone, dove si dedica anche alla attività di organizzazione ed esecuzione di recitals organistici, oltre che alla attività di insegnamento.
Dal 2010 è insegnante di organo e composizione organistica alla Università di Soai in Osaka.